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Window.SetLayered メソッド 

ウィンドウの透過状態を設定します。 ※StyleExにWS_EX_LAYEREDが追加されます。 ※トップレベルのウィンドウしか設定できません。

public bool SetLayered(
   uint uiColor,
   byte bAlpha,
   P_LWA pFlag
);

パラメータ

uiColor
LWA_ALPHAの時のみ有効…透過する色
bAlpha
LWA_COLORKEYの時のみ有効…不透明度(0:透明〜255:不透明)
pFlag
透過状態の形式(LWA_ALPHA:ウィンドウの不透明度を指定、LWA_COLORKEY:ウィンドウ内で透過する色を指定)

戻り値

以前のWS_EX_LAYEREDの状態(true:既に設定済みだった、false:設定されていなかった)

参照

Window クラス | FNF.WindowController 名前空間